Pedro Miramontes 

Publicaciones


1. Revistas de circulación internacional

2. Revistas de circulación nacional
3. Artículos de divulgación
4. Capítulos en libros
5. Reseñas
6. Memorias
7. Revistas sin arbitraje
8. Publicaciones electrónicas
9. Libros


1. Circulación internacional

1.
"Constraints over DNA Structure and Molecular Evolution"
Medrano L, Miramontes P. Rivista di Biologia / Biology Forum 8,  (1991), p.14
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2.
"Aplicación de la teoría de Test al estudio de los cariotipos de los cetáceos''. 
L. Medrano, P. Miramontes y A. Aguayo. Revista de Investigaciones Marinas. 14, (1993) pp. 50.
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3.
"DNA Stability, Base Substitution and Sequence Evolution"
L. Medrano, G. Cocho, P. Miramontes and J.L. Rius. Evolutionary Theory, 10,  (1994), p.249-258.

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4.
"Structural and Thermodynamic Properties of DNA uncover Different Evolutionary Histories"
P. Miramontes, L. Medrano, C. Cerpa, R. Cedergren, G. Ferbeyre and G. Cocho. Journal of Molecular Evolution 40, (1995), p.698-704.
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5.
"The Puzzling Origin of the Genetic Code"
R. Cedergren and P. Miramontes. Trends in Biochemical Sciences. 21, (1996), 199-120.

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6.
"On the Evolution of the Single-Subunit RNA Polymerases" 
N. Cermakian, T.M. Ikeda, P. Miramontes, B.F. Lang, M.W. Gray and R. Cedergren. Journal of Molecular Evolution. 45, (1997), 671-681

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7.
"Approximations to Configurational Energy of Dipolar Particles on a Lattice''.
H. Arce, A. López, V. Sánchez and P. Miramontes. Revista Mexicana de Física. 43 (1997), 421-428. 

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8.
"Distribution of Hammerhead and Hammerhead-like RNA motifs through the GenBank"
G. Ferbeyre, V. Bourdeau, M. Pageau, P. Miramontes and R. Cedergren. Genome Research 10 (2000), 1011-1019

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9.
"DNA dimer correlations reflect in vivo conditions and discriminate among nearest-neighbor base pair free energy parameter measures" 
P. Miramontes and Germinal Cocho. Physica A, 312 (2003) pp. 577-586. 

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10.
"Biological Domain Identification based in Codon Usage by Means of  Rule and Tree Induction"
A. Neme and P. Miramontes. Lecture Notes on Computer Science, 3082 (2005) pp. 221-224.

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11. "Statistical Properties of Lattices Affect Topographic Error in Self-organizing Maps".
A. Neme and P. Miramontes. Lecture Notes in Computer Science, 3696 (2005) pp.
 
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12. "A Mathematical Framework for Biological Evolution"
P. Miramontes and P. Padilla. Rivista di Biologia / Biology Forum. 99 (2006). pp. 273-283.

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13.
"Large-scale Oscillation of Structure-Related DNA Sequence Features in Human Chromosome 21".
W. Li and P. Miramontes. Physical Review E. 74 (2006), 021912.
Este artículo fue seleccionado por la American Physical Society para su compendio mensual de agosto del 2006 sobre física biológica.
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14. "A Parameter in the Learning Rule of SOM that Incorporates Activation Frequency"
A. Neme and P. Miramontes
Lecture Notes in Computer Science, 4131 (2006) pp. 455-463.
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15.  "On the Behavior of Journal Impact Factor Rank-Order Distribution".
R. Mansilla, E. Koppen, G. Cocho and P. Miramontes. Journal of Informetrics. 1 (2007) pp. 155-160.
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16.
"Universality of Rank-Ordering Distributions in the Arts and Sciences”. 
G. Martínez-Mekler, RA. Martínez, MB. del Río, R. Mansilla R, P. Miramontes and G. Cocho.
PLoS ONE 4(3) (2009): e4791. doi:10.1371/journal.pone.0004791
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17. “¿Es posible caracterizar el espacio fenotípico a partir de las relaciones entre los elementos de un plan corporal?.
Un análisis sistémico en la lagartija
Uta stansburiana”.
J. Rivera, P. Miramontes, F. Méndez y D. Piñero. Revista Mexicana de Biodiversidad. 80 (2009) pp. 807-816.
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18.
“Fitting Ranked Linguistic Data with Two-Parameter Functions”.
W. Li, P. Miramontes and G. Cocho. Entropy. 12 (2010). pp. 1443-1767.
 
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19.
"Fitting Ranked English and Spanish Letter Frequency Distributions".
W. Li and P. Miramontes. Journal of Quantitative Linguistics. 8 (2011). pp. 337-358.
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20.
"Periodic distribution of a putative nucleosome positioning motif in human, non-human primates, and Archaea: Mutual information analysis"
D. Sosa, P. Miramontes, W. Li, V. Mireles, JR. Bobadilla and M. Jose. International Journal of Genomics. 3. Article ID 963956.

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21.
"Self-organizing map formation with a selectively refractory neighborhood".
A. Neme and P. Miramontes. Neural Processing Letters. 39. (2014). pp. 1-24.

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22.
"Diminishing Return for Increased Mappability with Longer Sequencing Reads: Implications of the k-mer Distributions in the Human Genome".
W. Li, J. Freudenberg and P. Miramontes. BMC Bioinformatics. 15. (2014). doi:10.1186/1471-2105-15-2
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23.
"Role reversal in a predator-prey interaction".
F. Sánchez-Garduño, P. Miramontes, T. Marquez-Lago.
Royal Society Open Science. 1. (2014). 140186. http://dx.doi.org/10.1098/rsos.140186
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24.
"Bacterial genomes lacking long-range correlations may not be characterized by low-order Markov models''.
G. Cocho, P. Miramontes, R. Mansilla, W. Li. Computational Biology and Chemistry. (2014). 53. pp 15-25.

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2. Circulación nacional


1.
"Las formas en la Naturaleza: una cosa es describirlas y otra es explicarlas''.
F. Sánchez Garduño y P. Miramontes. Miscelánea Matemática. 49 (2009). pp. 101-124
.
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2.
"D'Arcy W. Thompson".
A. Aldama, J.L. Gutiérrez, P. Miramontes, F. Sánchez G..
Ludus Vitalis.  Vol. XVIII, num. 34. (2010).

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3.
“La fábrica de los sueños”. P. Miramontes. (2013). Ciencia. 64(4). 72-78.
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4.
"Navegación, convección y caos''. P. Miramontes. Miscelánea Matemática. En prensa.
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3. Artículos de divulgación





1.
"Las redes de neuronas en el diseño de medicamentos"
B. Llorente, R. Cedergren y P. Miramontes. Ciencias, 39, (1995), 27-37.

| texto |
2.
"La geometría de las formas vivas"
P. Miramontes
. Ciencias, 42, (1996), 12-19.

| texto |
3. "Los taludes de la historia"
P. Miramontes. Carta Informativa de la Sociedad Matemática Mexicana, número 11, Noviembre (1996).

| texto |
4. "Del maligno, señor, defiéndeme"
P. Miramontes. Ciencias, 46, (1997), 30-39.
| texto |
5. "¿Podemos explicar las formas vivas? Una flor para Fibonacci"
P. Miramontes y J.L. Gutiérrez. Especies, Septiembre-octubre (1998). Vol. 7, No. 4.

| texto |
6. "Predecir el clima es una cosa, predecirlo correctamente es otra"
P. Miramontes. Ciencias, 51, (1998), 4-13.

| texto |
7. "El color del ruido"
P. Miramontes. Ciencias, 54, (1999), 4-15.

| texto |
8. "Patrones y procesos en la naturaleza. La importancia de los protectorados" 
G. Cocho y P. Miramontes. Ciencias, 59, (2000), 14-22.

| texto |
9. "Las arenas"
P. Miramontes. Arenario (revista de divulgación matemática de la Universidad de Sonora) (2001), 3-11.

| texto |
10. "Paisajes embriológicos y genes"
P. Miramontes. Ciencias, 65, (2002), 4-13.

texto |
11. "La ciencia y sus demonios"
P. Miramontes y G. Cocho. Ciencias, 66, (2002), 76-85.

| texto |
12. "La casa de Asterión"
P. Miramontes.
Laberintos e Infinitos (Revista de divulgación del ITAM). Marzo 2003, 37-39.

texto |
13. " La interdisciplina desde la teoría de los sistemas complejos"
E. Koppen, R. Mansilla y P. Miramontes. Ciencias, 79, (2005), 4-12.

texto |
14.
"Homeopatía: Mitos y realidades"
P. Miramontes. Ciencias. 85, (2007), 64-76.

| texto |
15.
"Cuestión de pedigrí''.
P. Miramontes.
Ciencias. 88, (2008), 30-33.

| texto |
16.
"La música de la vida'.
P. Miramontes.
Ciencias. 100, (2010), 44-53.

| texto |
17.
"La ciencia en el cine comercial".
P. Miramontes. Ciencias. 106, (2012), 122-127.
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4. Capítulos en libros


1.
"Physicochemical Constraints in the Modelling of Gene Dynamics"
G. Cocho, L.Medrano, P. Miramontes y J.L. Rius. En: Complexity and Evolution. Eds R. Livi, D. Boccara and N. Packard. Nova Press. (1991).

| texto |
2.
"Selective Constraints Over DNA Sequence".
G. Cocho, L. Medrano, P. Miramontes y J.L. Rius. En: Biologically inspired Physics. Plenum Press, New York, (1991).
3.
"El estructuralismo dinámico"
P. Miramontes. En: Perspectivas en la teoría de sistemas. Ed. Santiago Ramírez. Siglo XXI Editores. (1999).

| texto |
4.
"El origen de las formas vivas: de Geoffroy Saint-Hilaire a D'Arcy Thompson"
P. Miramontes y J.L. Gutiérrez. En: Los clásicos de la biología matemática. Eds. Faustino Sánchez y Pedro Miramontes. Siglo XXI Editores. (2002)

| texto |
5.
"DNA Evolution as a Dynamical System: A Physicalist Perspective"
P. Miramontes. En: Developments in Mathematical and Experimental Physics, Vol C: Hydrodynamics and Dynamical Systems. Eds. A. Macías, F. Uribe and E. Diaz. Kluwer Press. (2002).

| texto |
6.
"Ciência e humanismo, capacidade criadora e alienacao"
G. Cocho, J.L. Gutiérrez y P. Miramontes. En: "Conhecimento Prudente para uma Vida Decente: Um Discurso sobre as Ciências Revisitado". Ed. Boaventura de Sousa Santos. Afrontamento, Porto, Portugal. (2003).

| texto |
7.
"La biología matemática"
P. Miramontes. En: La matemática y su entorno. Eds. R. Bautista, R. Martínez y P. Miramontes. Siglo XXI Editores.  (2004).
| texto |
8.
"DNA Circular Game of Chaos"
G. Carreón, E. Hernández and P. Miramontes. En: "Statistical Physics and Beyond". Eds. F. Uribe and L. García-Colín. American Institute of Physics. New York. (2005).
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9. "El tiempo desde los sistemas dinámicos".
P. Miramontes
. En: "Tiempo y espacio: Miradas múltiples". Ed. Guadalupe Valencia.
CEIICH/UNAM - Plaza y Valdés, México. 2005.
 
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10. "Transgrediendo límites: El riesgo de la extrapolación en la investigación científica"
P. Miramontes
. En : Ciencias de la complejidad: Innovando la investigación módica". Eds. J. Rosado y R. Mansilla. Editorial Panamericana. México. 2006.

 
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11. "El pensamiento teórico en la biología molecular de los ácidos nucleicos"
P. Miramontes y G. Cocho. En : "Cincuenta años del DNA". Compiladores: Luis Felipe Jiménez, Víctor Valdés y Claudia Segal.
Publicaciones de la Facultad de Ciencias de la UNAM (en prensa).
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12. "La estructura de correlaciones locales del DNA y sus parámetros termodinámicos".
P. Miramontes y G. Cocho. En: "La física biológica en México: temas selectos". Eds. L. García-Colón, L. Dagdug, P. Miramontes y Arturo Rojo. El Colegio Nacional. México. 2006.

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13.
"La evolución biológica desde la perspectiva de los sistemas complejos"
P. Miramontes, J. L. Gutiérrez y G. Cocho. En: "Evolución, vida e interdisciplina". Ed. Julio Muñoz. Centro de Investigaciones Interdisciplinarias en Ciencias y Humanidades. UNAM. 2007.
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14. “Universalidad en el arte abstracto”.
G. Cocho y P. Miramontes. En: “Imágenes en la ciencia - Ciencia en las imágenes“. Ed. Elke Koppen.
Centro de Investigaciones Interdisciplinarias en Ciencias y Humanidades. UNAM. 2009.

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15.
"El DNA"
P. Miramontes y A. Becerra. En: "La física biológica en México: Temas selectos II". Eds. L. García-Colín, L. Dagdug, M. Picquart y E. Vázquez.
El Colegio Nacional. 2010.
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16.
"Ciencia, crisis de la razón y sinrazón''.
G. Cocho, J.L. Gutiérrez y P. Miramontes. En: ``Totalidades y complejidades''. Ed. Julio Muñoz Rubio. En prensa.

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17.
"Randomness in Biology''.
P. Miramontes. En: "Frontiers in Ecology, Evolution and Complexity''. (Eds) Mariana Benítez, Octavio Miramontes and Alfonso Valiente-Banuet, 2014. "Frontiers in Ecology, Evolution and Complexity''. CopIt ArXives, Mexico. TS0012EN. ISBN:978-1-938128-05-9



5. Reseñas

1.
"Mathematics for or from?"
P. Miramontes
. Bulletin of Mathematical
Biology. 61, (1999) pp. 1009-1010. 

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2.
"El fin de la certidumbre o el fin de la incertidumbre?"
P. Miramontes
.  Mathesis vol 13, No. 4, noviembre de (1997), pp. 407-409.

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6. Memorias

1.
"Un algoritmo para el problema de selección de variables"
R. Morales y P. Miramontes.  Memorias del Congreso: "Pasado, presente y futuro de la Computación". UNAM, (1988).
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2.
"Structural Constraints and Gene Dynamics". G. Cocho, J.L. Rius, L. Medrano and P. Miramontes. En: Proceedings of Quasicrystals and Inconmesurate Quantities Conference, Vista Hermosa, México. World Scientific Press. New York. (1990).
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7. Revistas sin arbitraje

1.
"Variables Elegantes: una propuesta para la determinación de parámetros en modelos matemáticos en biología" . P. Miramontes y F. Sánchez. Revista de Titulación y Enseñanza. Vol.10, No.3. (1989).
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2.
"Autómatas celulares, algoritmos genéticos y evolución molecular"
P. Miramontes. Revista de Titulación y Enseñanza. Vol. VIII, Num. 65 (1992).
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3.
"Variables elegantes: una propuesta para la determinación de parámetros en modelos matemáticos en biología" . P. Miramontes y F. Sánchez. Miscelánea Matemática. 23, (1996), 27-38.
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8. Publicaciones electrónicas

1.
"Genetic Algorithms vs. in vitro Selection''.
P. Miramontes. Foro de Matemáticas. 1, (1995).
http://barajas.fciencias.unam.mx
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2.
"Some ideas on the structure-function relation in DNA".
P. Miramontes and F. Leclerc. (1995).
http://www-leibniz.imag.fr/GDR-INFOGENOMES/JC-miramontes-al.html
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3.
"Long-range Correlation in the Whole Human Genome".
R. Mansilla, N. del Castillo, T. Govezensky, P. Miramontes, M. José and G. Cocho.
http://www.arxiv.org/pdf/q-bio.GN/0402043 (2005)

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4. "Large-scale Oscillation of Structure-Related DNA Sequence Features in Human Chromosome 21"
W. Li & P. Miramontes.
http://arxiv.org/abs/q-bio.GN/0606016 (2006).
 | url
| texto|
5. "On the Behavior of Journal Impact Factor Rank-Order Distribution".
R. Mansilla, G. Cocho & P. MIramontes.
http://arxiv.org/pdf/cs.IR/0610091 (2006).
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6.
"Fitting Ranked English and Spanish Letter Frequency Distribution".
W. Li and P. Miramontes.
http://arxiv.org/abs/1103.2950 (2011).
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7.
"Detecting lateral genetic material transfer".
Calderón, L. Delaye, V. Mireles and P. Miramontes.
http://arxiv.org/abs/1204.2601 (2012)
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8.
"Some Critical Support for Power Laws and their variations".
P. Miramontes, W. Li, G. Cocho.
http://arxiv.org/abs/1204.3124 (2012)

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"Diminishing Return for Increased Mappability with Longer Sequencing Reads: Implications of the k-mer Distributions in the Human Genome''.
W. Li, J. Freudenberg, P. Miramontes.
http://arxiv.org/1308.6240.pdf. (2013).
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9. Libros

1.
"Los clásicos de la biología matemática".
Editores: Faustino Sánchez G, J.L. Gutiérrez y P. Miramontes. Siglo XXI Editores y CEIICH, UNAM.
(2002).
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2.
"Las matemáticas y su entorno".
Editores: R. Martínez, R. Bautista y P. Miramontes. Siglo XXI Editores y CEIICH, UNAM.
(2004).
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3.
"La física biológica en México".
Editores: L. García-Colín, L. Dagdug, A. Rojo y P. Miramontes. El Colegio Nacional. (2006).
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4.
"Río de tiempo y agua: Procesos y estructura en la Ciencia de nuestros días".
P. Miramontes. CopIt ArXives, México. TS0007ES. (2010).

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